A történet igazából ott folytatódik, ahol az előző évadban abbamaradt. Miután Illya a két pálca (Ruby és Sapphire) együttes erejével kiszabadította Miyut a másik világból érkezett Gilgamesh karjaiból, úgy tűnik, minden kezd visszatérni a megszokott, normál kerékvágásba. A lányok iskolába járnak, újra élik mindennapi kis életüket, azonban Rin és Luvia hamar rájönnek, hogy még koránt sincs minden rendben.